System Inovatis wspiera zarówno małą księgowość opartą o Książkę Przychodów i Rozchodów jak i Księgę Handlową. Rozbudowane wersje dla Biur Rachunkowych pozwalają w ramach jednego konta prowadzić różne typy księgowości.

Struktura systemu pozwala na dostosowanie programu do wymagań użytkownika. Użytkownik sam może określić format planu kont, opis operacji, typy rejestrów, sposób numeracji itd.

Proces księgowania jest w maksymalnym stopniu uproszczony. System pozwala na automatycznie księgowanie pozycji z innych modułów Inovatis (sprzedaż, zakup, płatności, rozrachunki, listy płac). Konfigurowalny moduł importu danych pozwala rejestrować dane z innych systemów.

Dane wprowadzane ręcznie są poddawane automatycznej weryfikacji i kontroli, co pozwala uniknąć wielu typowych błędów. Dodatkowa konfiguracja pozwala na tworzenie własnych reguł weryfikacji.

Wersje wielofirmowe pozwalają na selektywne udostępnianie danych księgowych oraz samych funkcji systemu poszczególnym podmiotom.

System Inovatis wspiera kompletny proces sprzedaży począwszy od zakupu, przez gospodarkę magazynową po finalną sprzedaż.

Moduł sprzedaży pozwala na obsługę wielu magazynów (własny, wydzielony, obcy) przy zastosowaniu jednolitej kartoteki towarowej.

Kartoteka systemu pozwala na obsługę towarów, produktów oraz usług z odrębnie ukształtowaną dla każdego typu logiką biznesową.

Moduł jest w pełni zintegrowany z pozostałymi elementami systemu (kadry, księgowość, logistyka, rozrachunki, płatności itd).

System wspiera technologię elektronicznej wymiany dokumentacji EDI stosowany przez duże podmioty gospodarcze.

Dostępna jest możliwość pełnej personalizacji wydruków, raportów, komunikacji emailowej - zgodnie z indywidualnymi wymaganiami użytkownika.

System Inovatis pozwala na tworzenie dowolnej liczby grupowanych list płac w dowolnych okresach czasu. Dostępna jest możliwość tworzenia list korekcyjnych i cząstkowych.

Model płac jest bardzo elastyczny co pozwala na tworzenie rozbudowanych systemów wynagrodzeń. Pracownik może posiadać nieograniczoną listę umów różnego typu, opisywanych za pomocą konfigurowalnych składników płacowych.

System umożliwia integrację z zewnętrznymi aplikacjami takimi jak RCP, Płatnik, bankowość elektroniczna itd.

Inovatis uostępnia rozbudowane funkcjonalności wspierające proces rekrutacji. System pozwala na dokumentowanie oraz realizację procesu ankietowania, wielowymiarowego wyszukiwania oraz komunikacji z kandydatami.

Moduł kadrowy pozwala zarządzać rozbudowaną ewidencją pracownika (szkolenia, badania lekarskie, kursy, nagrody, historia zatrudnienia, fotografie, dokumenty elektroniczne itd).

System dysponuje konfigurowalnym i bardzo elastycznym systemem rejestracji czasu pracy. W zależności od potrzeb możliwe jest tworzenie dowolnych kalendarzy dla indywidualnych pracowników lub działów.